장기보유특별공제 8,638억 원…90.6%가 서울에 몰린 이유

세금 깎아준 8,638억 원, 90.6%가 서울에 집중…고가주택 장기보유특별공제 논란

고가주택을 오래 보유한 1주택자에게 제공되는 세금 혜택이 서울과 초고가 주택에 집중된 것으로 나타났습니다.

국세청 국세통계포털에 따르면 2025년 공개된 통계 기준(2024년 양도분) 전국 고가주택의 장기보유특별공제액은 총 8,638억 원으로 집계됐습니다. 이는 전년보다 2,367억 원 증가한 규모입니다.

특히 전체 공제액 가운데 90.6%인 7,823억 원이 서울 소재 주택에 적용된 것으로 나타나 지역 편중 논란이 다시 불거지고 있습니다.

이번 통계는 양도 당시 실거래가 12억 원을 초과하는 1세대 1주택을 대상으로 집계된 자료입니다.

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장기보유특별공제란 무엇인가

장기보유특별공제는 부동산을 장기간 보유한 뒤 양도할 경우 양도차익 일부를 공제해 주는 제도입니다.

현재 1세대 1주택 고가주택(양도가액 12억 원 초과) 은 일정 요건을 충족하면

• 보유기간 최대 40%
• 거주기간 최대 40%

를 각각 인정받아 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다.

예를 들어 10년 이상 보유하면서 같은 기간 실제 거주했다면 양도차익의 최대 80%가 공제 대상이 됩니다.

다만 일반 부동산과 고가 1주택은 적용 요건이 일부 다르므로 자신의 사례에 맞는 확인이 필요합니다.

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서울이 공제액의 90% 이상을 차지했다

지역별 공제 규모는 서울이 압도적이었습니다.

• 서울 : 7,823억 원
• 경기 : 539억 원
• 부산 : 182억 원
• 대구 : 34억 원

서울 비중은 **전체의 90.6%**에 달했습니다.

공제 규모뿐 아니라 건당 평균 공제액에서도 차이가 컸습니다.

서울에서는 총 2,709건이 공제 대상이었으며 건당 평균 공제액은 약 2억 8,900만 원으로 집계됐습니다.

반면

• 경기 약 8,500만 원
• 인천 약 6,100만 원

수준에 그쳤습니다.

이는 단순히 거래 건수가 많아서가 아니라 서울 고가주택의 양도차익 자체가 크기 때문에 공제액도 크게 나타난 결과입니다.

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30억 원 초과 주택이 전체 혜택의 44% 차지

가격대별로 보면 쏠림 현상은 더욱 뚜렷합니다.

양도가액 30억 원 초과 주택의 공제액은 3,827억 원으로 전체의 **44.3%**를 차지했습니다.

세부적으로는

• 50억 원 초과 : 1,605억 원
• 30억~50억 원 : 2,222억 원
• 20억~30억 원 : 2,132억 원
• 12억~20억 원 : 2,194억 원

으로 집계됐습니다.

즉 가장 비싼 주택들이 전체 공제액의 절반 가까이를 가져간 셈입니다.

이는 양도차익이 클수록 공제 규모도 함께 커지는 현행 제도의 특성이 그대로 반영된 결과입니다.

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왜 논란이 되는 걸까

장기보유특별공제는 원래 장기 보유를 유도하고 실수요자를 보호하기 위해 도입된 제도입니다.

하지만 현재 구조에서는 주택 가격이 높을수록 공제액도 함께 커지는 구조여서 조세 형평성 논란이 꾸준히 제기되고 있습니다.

특히 고가주택이 밀집한 서울에 공제 혜택이 집중되면서 "결국 고가 자산가에게 더 큰 세금 혜택이 돌아간다"는 비판도 나옵니다.

다만 현행 제도는 고가 1주택의 경우 보유기간뿐 아니라 거주기간도 함께 공제율 산정 요소로 반영하고 있어, 단순히 오래 보유했다고 모두 최대 공제를 받을 수 있는 것은 아닙니다.

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정부가 검토 중인 개편 방향

정부는 장기보유특별공제 제도를 실거주 중심으로 개편하는 방안을 검토하고 있습니다.

논의되는 방향은

• 보유기간 중심 혜택 축소
• 실제 거주기간 반영 확대
• 실수요자 보호 강화

등입니다.

이재명 대통령 역시 후보 시절과 취임 이후 여러 차례 실거주 중심 세제 개편 필요성을 언급한 바 있습니다.

다만 현재까지는 구체적인 개정안이나 시행 시기가 확정된 것은 아닙니다.

국회 입법과 정부안 확정 과정을 거쳐야 실제 제도 변경이 가능합니다.

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집주인들이 주목해야 할 부분

향후 제도가 개편된다면 가장 중요한 변수는 '얼마나 오래 보유했는가'보다 '얼마나 오래 실제 거주했는가'가 될 가능성이 있습니다.

특히

• 장기간 보유했지만 실거주 기간이 짧은 경우
• 향후 매도를 계획 중인 고가주택 보유자
• 상속이나 증여를 고민하는 경우

에는 세 부담이 달라질 수 있어 제도 변화 여부를 지속적으로 확인할 필요가 있습니다.

반면 장기간 실거주한 1주택 실수요자는 상대적으로 영향이 제한적일 가능성이 있다는 분석도 나옵니다.

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투자자가 살펴볼 점

이번 통계는 단순한 세금 문제가 아니라 부동산 정책의 방향을 보여주는 신호이기도 합니다.

정부가 실거주 중심 과세를 강화할 경우

• 고가주택 절세 전략
• 장기보유 전략
• 주택 매도 시점
• 상속·증여 계획

등에도 적지 않은 변화가 나타날 수 있습니다.

향후 세법 개정안이 발표될 경우 구체적인 적용 대상과 시행 시기를 반드시 확인하는 것이 중요합니다.

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마무리

지난해 고가주택 장기보유특별공제액은 총 8,638억 원이었고, 이 가운데 90.6%가 서울에 집중됐습니다.

또 전체 공제액의 44%가 30억 원을 초과하는 초고가 주택에서 발생하면서 현행 제도의 형평성 논란도 다시 커지고 있습니다.

다만 현재 제도는 여전히 유효하며, 정부의 개편안 역시 아직 확정되지 않았습니다.

앞으로 실거주 중심 세제 개편이 실제 입법으로 이어질지 여부가 국내 부동산 세제의 중요한 변수로 떠오를 전망입니다.

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 오늘의 한줄평

"세금 혜택은 그대로였지만, 이제는 '얼마나 오래 보유했는가'보다 '얼마나 오래 살았는가'가 더 중요한 기준이 될 가능성이 커지고 있습니다."